Šišmiši imaju važnu, ali često podcijenjenu ulogu u očuvanju i obnovi šumskih ekosustava, što potvrđuju najnovija istraživanja iz područja šumarske ekologije. Iako se u javnosti često percipiraju negativno poput slučaja s pojavom epodemije Covid 19, ovi noćni sisavci predstavljaju važan čimbenik stabilnosti šuma i održivosti šumskih ekosustava.
Jedna od njihovih najvažnijih funkcija je prirodna kontrola štetnika. Naime, šišmiši svake noći mogu pojesti količinu kukaca približnu vlastitoj tjelesnoj masi, čime značajno smanjuju populacije štetnih vrsta koje oštećuju mlada stabla. Istraživanja pokazuju kako šumska područja bez šišmiša imaju i do tri puta više kukaca te znatno veći stupanj oštećenja lišća, što izravno utječe na rast i otpornost šuma.
Osim toga, pojedine vrste šišmiša sudjeluju u oprašivanju i rasprostiranju sjemena, čime doprinose prirodnoj obnovi šuma. Više od 500 biljnih vrsta ovisi o šišmišima kao oprašivačima, dok njihova uloga u širenju sjemena dodatno potiče regeneraciju šumskih sastojina.
Zdrave populacije šišmiša povećavaju otpornost šuma na klimatske stresove i smanjuju potrebu za kemijskom zaštitom. Međutim, njihov broj u svijetu opada zbog gubitka staništa i čestih bolesti, što zahtijeva prilagodbu šumarskih praksi, uključujući očuvanje starih i odumirućih stabala kao ključnih staništa, o čemu pozitivno mišljenje i sličnu praksu podržava i EU.
U kontekstu održivog gospodarenja, integracija zaštite šišmiša postaje važan element dugoročne stabilnosti i produktivnosti šuma.